黃巖島事件過去半年之后，2013年1月22日，菲律賓阿基諾三世政府以中國主張并行使在南海九段線內(nèi)的主權(quán)和或主權(quán)權(quán)利和管轄權(quán)為由，根據(jù)《聯(lián)合國海洋法公約》，擬定了15項訴求，向國際法庭提請仲裁。

2013年2月19日，中國政府退回菲律賓政府的照會及所附仲裁通知。中國政府鄭重聲明，中國不接受、不參與菲律賓提起的仲裁。

（中國2008年根據(jù)《聯(lián)合國海洋法公約》第298條的規(guī)定向聯(lián)合國秘書長提交聲明。該聲明稱，關(guān)于《聯(lián)合國海洋法公約》第298條第1款（a）、（b）和（c）項所述的任何爭端，即涉及海域劃界、歷史性海灣或所有權(quán)、軍事和執(zhí)法活動以及安理會執(zhí)行《聯(lián)合國憲章》所賦予的職務(wù)等爭端。中華人民共和國政府不接受《聯(lián)合國海洋法公約》第十五部分第二節(jié)規(guī)定的任何程序。也就是說，中國將涉及海洋劃界、歷史所有權(quán)、軍事行動、行政執(zhí)法等問題排除適用強制爭端解決程序。

而南海仲裁案的實質(zhì)就是領(lǐng)土主權(quán)和海洋劃界問題。領(lǐng)土主權(quán)問題不是《公約》的調(diào)整范圍，而涉及海洋劃界問題，中國已作出了排除性聲明。因此，中國不接受、不參與仲裁完全符合包括《公約》在內(nèi)的國際法。《公約》第280、281、282條也規(guī)定，尊重《公約》締約國自主選擇爭端解決方式的權(quán)利。中菲兩國已經(jīng)達(dá)成通過談判協(xié)商解決有關(guān)爭議的共識，已排除將《聯(lián)合國海洋法公約》規(guī)定的強制爭端解決程序適用于中菲南海有關(guān)爭議。這個權(quán)利也應(yīng)予以尊重。中方堅持不接受，不參與，不承認(rèn)菲律賓提起的仲裁。）

2013年5月，國際海洋法法庭時任庭長柳井俊二接受了菲律賓強行提出的仲裁案，并由五名專業(yè)人士組成的仲裁庭。菲律賓方面指派國際海洋法法庭現(xiàn)任法官、德國人呂迪格·沃爾夫魯姆在仲裁庭中代表菲律賓。由于中方不參與仲裁，因此剩余4人均由柳井俊二指派。

2013年7月，臨時仲裁庭成立的第二個月，它以人力和資源有限為由，把秘書服務(wù)正式“外包”給常設(shè)仲裁法院，具體服務(wù)內(nèi)容包括協(xié)助查找和指定專家，發(fā)布信息和新聞稿，組織在海牙和平宮舉行聽證會，支付仲裁員和其他人員的費用等，也就是選定常設(shè)仲裁法院作為案件的書記處。

2014年12月7日，中國外交部受權(quán)發(fā)布了《中華人民共和國政府關(guān)于菲律賓共和國所提南海仲裁案管轄權(quán)問題的立場文件》，全面系統(tǒng)闡明了中國政府對該仲裁案管轄權(quán)問題的立場，即仲裁庭對菲律賓單方面提起的南海仲裁案沒有管轄權(quán)，中國政府不接受、不參與菲律賓提起的仲裁擁有充分的國際法依據(jù)。

2015年4月，中國外交部長王毅先后赴俄羅斯出席中俄印外長第十四次會晤、訪問東盟三國、參加亞信外長會議，俄羅斯、印度、文萊、柬埔寨、老撾、岡比亞、波蘭、巴基斯坦、孟加拉國、白俄羅斯、吉爾吉斯斯坦等11國相繼表態(tài)支持中國南海立場。

2015年5月12日，在多哈舉行的中阿合作論壇第七屆部長級會議通過《多哈宣言》?！缎浴窂娬{(diào)，阿拉伯國家支持中國同相關(guān)國家根據(jù)雙邊協(xié)議和地區(qū)有關(guān)共識，通過友好磋商和談判，和平解決領(lǐng)土和海洋爭議問題；強調(diào)應(yīng)尊重主權(quán)國家及《聯(lián)合國海洋法公約》締約國享有的自主選擇爭端解決方式的權(quán)利。

2015年5月25日，上合組織會議上，各國外長一致確認(rèn)，所有有關(guān)爭議均應(yīng)由當(dāng)事方通過友好談判和協(xié)商和平解決，反對國際化和外部勢力干涉。為此，外長們呼吁恪守上述公約、《南海各方行為宣言》及落實宣言后續(xù)行動指針全部條款。

2015年7月7日，法院首次舉辦了南海仲裁案聽證會。中華人民共和國外交部同時發(fā)表聲明，不承認(rèn)常設(shè)仲裁法院對此案的司法管轄權(quán)，也拒絕接受菲律賓任何形式有關(guān)此案的和解建議。

2015年10月29日，仲裁庭作出管轄權(quán)和可受理性問題裁決。中國政府當(dāng)即聲明有關(guān)裁決是無效的，沒有拘束力。

2016年6月8日，中國外交部發(fā)布了《中華人民共和國外交部關(guān)于堅持通過雙邊談判解決中國和菲律賓在南海有關(guān)爭議的聲明》，重申中國堅持不接受、不參與菲律賓仲裁案以及通過雙邊談判解決中菲在南海有關(guān)爭議的立場。

2016年7月12日，菲律賓南海仲裁案仲裁庭作出非法無效的所謂最終裁決，判菲律賓“勝訴”，并否定了“九段線”，還宣稱中國對南海海域沒有“歷史性所有權(quán)”。

同日，新華社發(fā)表報道，從中共中央對外聯(lián)絡(luò)部獲悉，當(dāng)前已有90多個國家的230多個政黨和政治組織表示公開支持中國在南海問題上的立場。

2016年7月13日上午，新華社海牙分社記者向國際法院提問：“南海仲裁案裁決結(jié)果公布后，很多西方媒體報道說聯(lián)合國支持的法庭甚至聯(lián)合國法庭對南海案做出裁決。國際法院可否置評？”當(dāng)天下午，國際法院在其官網(wǎng)刊出中英文聲明：“南海仲裁案裁決結(jié)果由常設(shè)仲裁法院提供秘書服務(wù)的一個仲裁庭做出。國際法院作為完全不同的另一機構(gòu)，自始至終未曾參與該案，因此在國際法院網(wǎng)站上無法查詢到相關(guān)信息?！?/p>

同日，聯(lián)合國表態(tài)和南海仲裁庭沒有任何關(guān)系，稱國際法院是聯(lián)合國主要司法機關(guān)，根據(jù)《聯(lián)合國憲章》設(shè)立，位于荷蘭海牙的和平宮內(nèi)。這座建筑由非營利機構(gòu)卡內(nèi)基基金會為國際法院的前身常設(shè)國際法院建造。聯(lián)合國因使用該建筑每年要向卡內(nèi)基基金會捐款。和平宮另一“租客”是1899年建立的常設(shè)仲裁法院，不過和聯(lián)合國沒有任何關(guān)系。

2016年7月14日，聯(lián)合國秘書長發(fā)言人迪亞里克在例行記者會上表示，仲裁庭的運作與聯(lián)合國秘書長沒有關(guān)系。

同日，國際法院新聞部負(fù)責(zé)人安德烈·波斯卡庫金向新華社記者重申，一些媒體對南海仲裁案仲裁庭確實存在誤解，“事實上，國際法院與南海仲裁案沒有絲毫關(guān)系”。

國際海洋法法庭也出面發(fā)聲。國際海洋法法庭新聞發(fā)言人朱莉婭·里特爾向新華社駐柏林記者澄清：“臨時仲裁庭不從屬于國際海洋法法庭?！彼f，國際海洋法法庭與《聯(lián)合國海洋法公約》第287條第1款提及的所有法院、仲裁庭都不存在上下級從屬關(guān)系，因此不會對“其他法院或法庭”作出的裁決發(fā)表評論。

7月15日，菲律賓前總統(tǒng)阿羅約的新聞發(fā)言人和辦公廳主任戈韋托·蒂格勞在《馬尼拉時報》發(fā)表評論文章稱，菲律賓僅用于支付南海仲裁案的律師費就高達(dá)3000萬美元。菲律賓前參議員弗朗西斯科·塔塔德隨即公開追問，按照菲律賓憲法，政府的財政撥款須有記錄或公示，但上述巨款來源和用途均無任何記錄。因此，他質(zhì)疑阿基諾三世政府對民眾隱瞞了南海仲裁案真相，南海仲裁案資金來路不明。

7月25日，中國外交部長王毅在老撾萬象出席東亞合作系列外長會期間會見美國國務(wù)卿克里。克里歡迎中國和東盟發(fā)表有關(guān)聯(lián)合聲明，表示美方對南海仲裁結(jié)果不持立場，支援中菲恢復(fù)雙邊對話，應(yīng)盡快翻過仲裁案這一頁，使南海局勢降溫。